Outre cette nouvelle dénomination, le décret n°2012-597 du 27 avril 2012 pris en application de la loi du 29 décembre 2011 précise la nouvelle organisation interne et le nouveau mode de gouvernance de la nouvelle Agence où siégeront désormais au Conseil d’administration des représentants des professionnels de santé (médecins et pharmaciens) et des associations d’usagers du système de santé.